Uno de los objetivos más ambiciosos de la Directiva 92/43/CEE es la creación de una red ecológica coherente, la Red Natura 2000, formada por los lugares declarados en conformidad con la Directiva 79/409/CEE, como Zonas de Especial Protección para las Aves ZEPA (Zona de Especial para las Aves), así como de aquellas designadas para la conservación de los hábitats del Anexo I y de las especies de flora y fauna silvestre del Anexo II de la propia Directiva 92/43/CEE, designadas en su fase inicial como Lugares de Importancia Comunitaria LIC (Lugar de Importancia Comunitaria), y en su fase final como Zona Especial de Conservación ZEC (Zona Especial de Conservación).

La designación de un territorio como ZEPA se realiza tras la evaluación de la importancia del lugar para la conservación de los hábitats de las aves (artículo 4 de la Directiva 79/409/CEE), incluidas en el anexo I de la Directiva Aves, y consta únicamente de una etapa. Esto implica que los lugares designados como ZEPA se integran directamente en la red Natura 2000.

En lo tocante a la designación de los LIC y ZEC, el artículo 4 de la Directiva 92/43/CEE diseña un protocolo que incluye tres etapas.

La primera etapa consistió en la elaboración de una lista de lugares con el fin de ser designados como Lugares de Importancia Comunitaria (LIC), realizada de acuerdo con los requerimientos técnicos establecidos en el Anexo III de la DC 92/43/CEE, y a partir de la información científico-técnica disponible en cada territorio. Para cada una de las Regiones Biogeográficas, se proponen un conjunto de áreas concretas, designadas como pLIC (propuesta de Lugar de Importancia Comunitaria) que engloban tipos de hábitats naturales enumerados en el Anexo I de la DC 92/43/CEE, y tipos de hábitats de especies autóctonas de flora y fauna, enumeradas en el Anexo II de la mencionada normativa.

Esta propuesta inicial de Lugares de Importancia Comunitaria fue sometida la evaluación por los equipos técnicos de la Dirección General de Medio de la Comisión Europea, solicitándose información adicional sobre los espacios propuestos, así como formulando la necesidad de incrementar los existentes o crear nuevos espacios, con el fin de garantizar el cumplimiento de los objetivos establecidos por la DC 92/43/CEE.

En la segunda etapa a Unión Europea aprueba los diferentes listados de Lugares de Importancia Comunitaria de común acuerdo con los Estados Miembros. Esta fase se inicia en el año 2002, con el listado de la Región Biogeográfica Macaronésica, prosiguió con el de la Región Biogeográfica Atlántica en el año 2004 (Decisión de la Comisión de 7/12/2004. DOUE, 29/12/2004) y finalmente lo de la Región Biogeográfica Mediterránea en el año 2006 (Decisión de la Comisión de 19/07/2006. DOUE 21/9/2006).

Según los datos acercados por la Dirección General de Medio Ambiente de la Comisión Europea la finales del año 2021, la Red Natura 2000 está conformada por más de 27.000 lugares, ocupando más de 1 millón de km2 que representan el 18% de la superficie terrestre y el 4% de la superficie marina de la Unión Europea (EUR27). Incluyendo 3.372 ZEPA, con una superficie de 823.362 Km2, estando representado en 894 ZEPA medios marinos, que representan una superficie de 298.324 Km2. En cuanto a los LIC, su número asciende a 23.659, que engloban una superficie de 940.510 Km2, estando representados los medios marinos en 2.027 LIC, abarcando una superficie de 350.570 Km2.

La tercera etapa, establecida en el artículo 4.2 de la DC 92/43/CEE consiste en la designación de los Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) como Zona Especial de Conservación (ZEC). En el artículo 1, letra l, de la Directiva se define a ZEC como un Lugar de Importancia Comunitaria designado por los Estados miembros mediante un acto reglamentario, administrativo y/o contractual, en él cual se apliquen lanas medidas de conservación necesarias para él mantenimiento lo él restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de los hábitats naturales y/o de lanas poblaciones de lanas especies para lanas cuales se haya designado él lugar”.

El artículo 4.4, de la Directiva Hábitat dispone que, una vez elegido un Lugar de Importancia Comunitaria conforme al procedimiento regulado en el apartado 2 de esta misma disposición, el Estado miembro de que se trate, dará al dicho lugar a designación de ZEC lo más rápidamente posible y como máximo en un plazo de seis años, fijando las prioridades en función de la importancia de los lugares, para el mantenimiento o el restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de un tipo de hábitat natural de los del Anexo I o de una especie de las del Anexo II y para la coherencia de Natura 2000, así como en función de las amenazas de deterioro y destrucción que pesen sobre ellos.